Proteine sezionate da migliaia di PC online

Roma – Il calcolo distribuito attraverso Internet sta cominciando a produrre risultati concreti. Si trovano numeri primi, si decifrano schemi crittografici, si simulano trasformazioni climatiche e, proprio di recente, si è compiuto un grosso passo avanti nello studio della formazione delle proteine.

Negli ultimi due anni decine di migliaia di utenti di computer hanno contribuito, grazie al progetto Folding@home , ad elaborare i dati di una simulazione tridimensionale che potrà aiutare gli scienziati a comprendere i più intimi meccanismi che regolano la concatenazione degli amminoacidi in proteine, componenti fondamentali della materia vivente.

Il progetto Folding@home funziona in modo molto simile al più famoso SETI@home : come questo trae forza dalla partecipazione di numerosi volontari che, attraverso uno speciale screensaver , mettono a disposizione del progetto le proprie risorse di calcolo inutilizzate. Il risultato è che gli scienziati possono disporre di una sorta di potentissimo supercomputer virtuale a bassissimo costo attraverso cui poter portare avanti ricerche ed esperimenti di interesse comune.

L’obiettivo di Folding@home è quello di svelare, attraverso dettagliate simulazioni al computer, uno degli aspetti più misteriosi della biologia: i processi di formazioni delle proteine, composti molto complessi di cui la biologia non è ancora riuscita a spiegare adeguatamente le differenti attività fisiologiche. Comprendere meglio il funzionamento delle proteine non è pura accademia: Folding@home spera infatti di aiutare gli scienziati a capire perché talvolta, durante il processo di formazione di uno di questi composti, qualcosa “va storto” e, come conseguenza, si hanno gravi effetti, fra cui l’insorgere di morbi quali Alzheimer, Parkinson e BSE (Mucca Pazza).

Il padre fondatore di Folding@home, il biochimico Vijay Pende della Stanford University, sostiene che grazie al calcolo distribuito è oggi possibile compiere sostanziali passi avanti nello studio delle proteine e dell’influenza che esse hanno sul nostro organismo. Proprio pochi giorni fa, attraverso un articolo apparso sulla versione on-line di Nature, Pande ha annunciato di essere riuscito, insieme al suo team, a simulare la formazione completa di una proteina, atomo per atomo. Questo è stato possibile grazie all’ingente potenza di calcolo catalizzata attraverso Folding@home: per elaborare la stessa simulazione un singolo PC avrebbe impiegato oltre 2.000 anni.

Gli scienziati sostengono che è la prima volta che si riesce a simulare in modo così accurato il meccanismo e i tempi di formazione di una proteina. In questo caso si trattava di una piccola proteina sintetica, chiamata BBA5, di cui si conosceva già nei dettagli la sequenza e la struttura: in questo modo è stato possibile, per gli scienziati, verificare che il software di simulazione produca risultati attendibili. Il prossimo passo sarà quello di applicare queste esperienze allo studio di proteine più complesse e maggiormente importanti sotto il punto di vista medico.

A differenza del progetto scova-UFO del SETI, Pande ha ammesso che Folding@home “non è particolarmente sexy” e che per mettere insieme i circa 50.000 volontari attualmente attivi si è dovuto ricorrere a pubblicità sui giornali e sul Web. Nel prossimo futuro le cose potrebbero però cambiare grazie ad una sorta di gemellaggio fra questo progetto, SETI@home e ClimatePrediction.net : le tre iniziative potrebbero infatti condividere la medesima piattaforma di calcolo distribuito in modo da consentire agli utenti di passare più agevolmente da un progetto all’altro.

E Pande promette: “State sicuri che non sprecheremo neppure una goccia del vostro tempo macchina”.