Il silicio e il carbonio

A Trento il primo convegno che mette assieme biologia e high performance computing. Un approccio multidisciplinare, come d'abitudine, per tentare di fare di più

Roma – “Non è detto che il parallelismo migliori le prestazioni”: la frase di Davide Prandi , ricercatore del CoSBi di Trento, è allo stesso tempo emblematica e lapalissiana. La questione, spiega a Punto Informatico assieme ai colleghi Tommaso Mazza e Paolo Ballarini , è comune all’informatica moderna in generale: la potenza di calcolo cresce costantemente , ma non si è ancora avviato un processo di razionalizzazione (per così dire) di tutti questi cavalli-CPU. “Il parallelismo va di moda – prosegue – ma va valutato con attenzione”.

La questione è centrale per gli utenti casalinghi come per quelli professionali: e lo diventa ancora di più per i ricercatori del CoSBi, impegnati da tempo nella creazione di modelli computazionali in grado di simulare i meccanismi alla base della biologia. Una questione che unisce gli esperti di quest’ultima branca agli informatici impegnati nell’ high performance computing (HPC): da questo incontro nasce l’idea di un workshop che metta a confronto esigenze e competenze. In una parola: HiBi, High performance computational systems Biology . Ovvero “un’occasione per mettere in contatto ricercatori nell’area del computing parallelo e nella biologia di sistema computazionale”.

“Il problema che abbiamo – racconta Ballarini a Punto Informatico – è che dobbiamo costruire modelli complessi, così complessi che realizzarne uno per intero può richiedere tempi lunghissimi. Senza contare – aggiunge – che c’è la questione del vincolo di memoria: ne occorre una quantità enorme per immagazzinare tutti i dati”. Una delle soluzioni possibili è dunque quella di “spezzare” l’impegno su diverse macchine che lavorano allo stesso problema: ma si tratta di un terreno ancora poco esplorato , e che viene battuto più frequentemente solo da circa 10 anni a questa parte.

Il fatto è, raccontano, che fino ad oggi non esisteva un’occasione in cui gli esperti di HPC e di biologia di sistema computazionale potessero incontrarsi per discutere di questioni a cavallo tra l’informatica e la ricerca pura. L’arrivo sul mercato di processori multicore ha cambiato molto il panorama dell’elaborazione, anche e soprattutto in parallelo, ma “il problema comune dell’informatica attuale è che la larga parte dei sistemi operativi e delle applicazioni non sfruttano o quasi questo parallelismo” chiarisce Prandi.

Uno dei temi che verranno discussi a HiBi09 sarà appunto la rivisitazione degli algoritmi sequenziali in chiave parallela : una discussione che può avere ovviamente ricadute sul piano pratico, sia nel settore della ricerca di cui si occupano il CoSBi e altri centri di ricerca, sia nell’informatica. “L’elaborazione dell’algoritmo parallelo può essere semplice – prosegue Prandi – ma devo valutarne l’impatto”: in altre parole, se il vantaggio nei tempi di elaborazione viene dissipato nella coordinazione delle diverse unità operative, la scelta potrebbe non essere vincente.

L’obiettivo della ricerca, in questo caso, è la creazione di un sistema cosiddetto “massimamente parallelo”: per riuscire a replicare tutti i componenti di una cellula occorre uno sforzo notevole, al limite dello stato dell’arte, ma all’orizzonte ci sono altre sfide da affrontare. Dopo la cellula toccherà ai tessuti, poi agli organi, e infine agli organismi : e poi si punterà a simulare i sistemi sociali all’interno dei quali si muovono gli individui, visto che lo stesso principio attivo può avere effetti diversi al variare di questi.

Le dimensioni dei valori in gioco sono interessanti: “Diciamo che, sostanzialmente, al momento non partiamo da moli di dati esagerate: le produciamo” racconta Mazza, che per dare un’idea aggiunge che l’attuale simulazione e convalida di modelli biologici richiederebbe su un desktop casalingo circa 200-300 volte il tempo che impiega sul cluster da 256 processori in dotazione al centro trentino. Questione di giorni, più che di ore , motivo per il quale anche il cluster CoSBi “va bene per sviluppare prototipi” più che per la convalida su larga scala.

Non tutti, d’altronde, possono permettersi un mostro come il Jaguar di Cray o il Roadrunner di IBM : Mazza definisce dunque “una necessità fisiologica” individuare delle alternative, che alcuni degli articoli presentati al comitato scientifico della conferenza individuano per esempio nel riutilizzo di PC in dotazione a un laboratorio nei loro momenti di idle – quando cioè non siano utilizzati dai rispettivi utenti. Altri guardano con ottimismo alle GPGPU , i processori grafici di ultima generazione in grado di generare teraFLOPS di capacità di elaborazione a un costo di gran lunga inferiore rispetto ai supercomputer tradizionali.

I ricercatori si dicono ottimisti sugli esiti della conferenza: le adesioni sono state numerose, e ci sono tutti i presupposti per dare vita a una conversazione proficua. “Rispetto a 10 anni fa abbiamo fatto passi da gigante – spiega Prandi a Punto Informatico – i processori multicore sembrano offrire un vantaggio notevole, le GPU sembrano fare cose molto interessanti: noi lavoriamo sul software, ma senza dare un’occhiata all’hardware e senza conoscerlo diventa difficile portare avanti il nostro lavoro”.

Eppure, conclude, “uno degli algoritmi più utilizzati al momento nel nostro settore, uno dei più potenti, è stato concepito nel 1978”: e non perché da allora non sia stato prodotto nulla di nuovo. Semplicemente, “non era possibile utilizzarlo a causa della ridotta potenza di calcolo dei processori”: la legge di Moore sta dando una mano , e HiBi e altre occasioni dello stesso tipo serviranno a far ripartire la discussione con risvolti utili sia per la ricerca pura che per le ricadute sull’industria IT in generale.

A cura di Luca Annunziata

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  • 0disse0 scrive:
    bello, ma quando arriva?
    sistema operativo windows a parte, sembra davvero un apparecchio innovativo...
    • ruppolo scrive:
      Re: bello, ma quando arriva?
      - Scritto da: 0disse0
      sistema operativo windows a parte, sembra davvero
      un apparecchio
      innovativo...È un apparecchio inutile, non un apparecchio innovativo.
  • MeX scrive:
    mmmmm
    [img]http://www.punto-informatico.it/punto/20091014/eeekeyb_1.jpg[/img][img]http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b3/Apple_wired_thin_keyboard-2007-08-11.jpg[/img]-----------------------------------------------------------Modificato dall' autore il 14 ottobre 2009 11.49-----------------------------------------------------------
    • Homo Technicus scrive:
      Re: mmmmm
      Modificato dall' autore il 14 ottobre 2009 11.49
      --------------------------------------------------
      • MeX scrive:
        Re: mmmmm
        missá che non te lo ricordi bene :)[img]http://agoners.files.wordpress.com/2008/07/sinclair_zx_spectrum.jpg[/img]
        • panda rossa scrive:
          Re: mmmmm
          - Scritto da: MeX
          missá che non te lo ricordi bene :)Missa' che non te lo ricordi bene neanche te.Lo Spectrum Sinclair e' questo non quello...[img]http://t3.gstatic.com/images?q=tbn:Uchr0AoTvRaMHM:http://www.siliconhell.com/forum/attachments/thought-provokers/173d1239099715-how-technology-has-moved-on-sinclair_zx_spectrum.jpg[/img]Quello che hai postato tu e' la versione successiva, dell'atari, con registratore incorporato.
          • MeX scrive:
            Re: mmmmm
            giusto... mi sembra che anche questo differisca abbastanza dalla tastiera in alluminio ;)
          • pegasus scrive:
            Re: mmmmm
            Basta realizzare una tastiera ad isola in una lamina di alluminio per farle assomigliare. Però peccato che apple si sogna in quello spazio un lcd 5" e un pc
          • MeX scrive:
            Re: mmmmm
            ma infatti non comparavo le funzionalitá ma il design (pensavo fosse ovvio essendoci solo due foto e nessuna altra considerazione)
          • ruppolo scrive:
            Re: mmmmm
            - Scritto da: pegasus
            Basta realizzare una tastiera ad isola in una
            lamina di alluminio per farle assomigliare. Però
            peccato che apple si sogna in quello spazio un
            lcd 5" e un
            pcQuesta EEE Keyboard misura 1541 cm cubici e pesa 1,4Kg.Il MacBook Air misura 863 cm cubici (in realtà di meno, visto che i lati sono molto smussati) e pesa 1,36 Kg. Con un LCD da 13,3", non da 5".Dunque, cosa si dovrebbe sognare Apple?
    • Sgabbio scrive:
      Re: mmmmm
      Modificato dall' autore il 14 ottobre 2009 11.49
      --------------------------------------------------Un bella idea, almeno eviti di sXXXXXre l'interno della tastiera :D Comunque questo fascino Retrò mi attira :D
  • ruppolo scrive:
    Prodotto sbagliato.
    L'idea è quella del media center per casa, con il TV come display principale. Va bene la tastiera con touch e mini display di servizio, quello che non va è che il computer sia nella tastiera e non nell'altra unità ricevente. Con quest'ultima soluzione non ci sarebbe il problema della scarsa autonomia e la quantità di dati da trasferire sarebbe gestibile con un semplice Bluetooth.
  • Dashe scrive:
    Mouse o Touch
    Una cosa non mi è chiara, lo schermo sarà touch ed usabile come touch pad quando verrà collegato ad un monitor/TV?Penso sia comodissimo se fatto per quello scopo.
  • Maurizio Natali scrive:
    A che serve?
    Personalmente lo ritengo un aggeggio incomprensibile... vedremo!
    • pay the Bill scrive:
      Re: A che serve?
      - Scritto da: Maurizio Natali
      Personalmente lo ritengo un aggeggio
      incomprensibile...+1
    • Nome e cognome scrive:
      Re: A che serve?
      Non c'è paragone tra una tastiera standard e una di un notebook-netbook.Se scrivi molto e non ti fai ipnotizzare da effetti speciali serve.Certo, un PC normale da scrivania è molto meglio, costa meno e va che è una bomba, ci metti un proXXXXXre serio ed economico e non un atom che fa quel che può per non arrostirti le ginocchia, ma - che vuoi farci - i desktop sono fuori moda- Scritto da: Maurizio Natali
      Personalmente lo ritengo un aggeggio
      incomprensibile...
      vedremo!
      • ruppolo scrive:
        Re: A che serve?
        - Scritto da: Nome e cognome
        ma - che vuoi farci - i desktop sono fuori
        modaBeh ovvio, da quando il computer è diventato portatile e potente tanto quanto un desktop, chi vuole più essere vincolato da postazioni fisse e cavi?
        • Josafat scrive:
          Re: A che serve?
          - Scritto da: ruppolo
          Beh ovvio, da quando il computer è diventato
          portatile e potente tanto quanto un desktop, chi
          vuole più essere vincolato da postazioni fisse e
          cavi?Magari chi vuole una tastiera decente, non quelle robacce da portatile. E un monitor come si deve, magari da 22 pollici. E magari alla distanza giusta dal corpo, non attaccato al naso. E magari con un mouse vero. E con la possibilità di aggiungerci o cambiare disco (o RAM, o una scheda) quando serve, senza impazzire. E senza spendere un patrimonio.Se attacchi una tastiera vera, un mouse, un monitor come si deve, un disco esterno ad un portatile, puoi (forse) fare tutto questo, ma a che prezzo? E a questo punto la portabilità è andata a farsi benedire. Per me, per valere la pena di un acquisto, un pc portatile deve essere di pochi pollici, leggero, dunque meglio affiancare a un desktop un netbook.
          • ruppolo scrive:
            Re: A che serve?
            - Scritto da: Josafat
            - Scritto da: ruppolo

            Beh ovvio, da quando il computer è diventato

            portatile e potente tanto quanto un desktop, chi

            vuole più essere vincolato da postazioni fisse e

            cavi?

            Magari chi vuole una tastiera decente, non quelle
            robacce da portatile. E un monitor come si deve,
            magari da 22 pollici. E magari alla distanza
            giusta dal corpo, non attaccato al naso. E magari
            con un mouse vero. E con la possibilità di
            aggiungerci o cambiare disco (o RAM, o una
            scheda) quando serve, senza impazzire. E senza
            spendere un
            patrimonio.Tutto questo lo puoi avere con un Mac: tastiera di elevata qualità e retro illuminata, trackpad multitouch che nella maggior parte dei casi è meglio di un mouse, monitor di buona qualità retro illuminato a LED. E, ovviamente, RAM e HD aggiornabili.E se si ha spesso bisogno di un monitor più grande, senza portarsi dietro sempre un 17", c'è l'ottima opzione del 24" concepito appositamente per i portatili Apple.Spendi di più, ovviamente, ma hai molto di più, compreso il fatto di avere sempre tutto con te, e nessun compromesso.
          • guast scrive:
            Re: A che serve?
            Bella pubblicitàPerò ti sei dimenticato di dire che a quel prezzo di desktops ce ne compri quattro
          • Nome e Cognome scrive:
            Re: A che serve?
            - Scritto da: guast
            Bella pubblicità
            Però ti sei dimenticato di dire che a quel prezzo
            di desktops ce ne compri
            quattrosolo 4? pensavo una decina.Scherzi a parte, i mac sono i mac, ma costano un po' troppo. E hanno la pessima abitudine di lasciare lo stesso prodotto un po' troppo tempo sul mercato senza aggiornarlo e senza "scontarlo".
          • ruppolo scrive:
            Re: A che serve?
            - Scritto da: Nome e Cognome
            E hanno la pessima abitudine di
            lasciare lo stesso prodotto un po' troppo tempo
            sul mercato senza aggiornarlo e senza
            "scontarlo".9 mesi sarebbero troppo?
          • ruppolo scrive:
            Re: A che serve?
            - Scritto da: guast
            Bella pubblicità
            Però ti sei dimenticato di dire che a quel prezzo
            di desktops ce ne compri
            quattroPotresti comprarne anche 40 che non cambia nulla: non sono portatili.Tanto per dire, lo sai quanti telefoni desktop potevi comprare, vent'anni fa, con i soldi per un telefonino Motorola MicroTAC?Circa 500. Ma con ognuno di questi 500, ti potevi allontanare da casa per la lunghezza della prolunga, non di più.
  • Giovanni Genna scrive:
    perplessità!
    mi sembra un'acXXXXXrio decisamente inutile!non capisco l'utilità di un computer dentro una tastiera!meglio comprarsi l'eeebox, almeno (credo) sia più trasportabile e UTILE!
    • p4bl0 scrive:
      Re: perplessità!
      di suo sarà anche più trasportabile, ma poi se ci vuoi scrivere sarà il caso di portarsi dietro anche una tastiera, no? e allora siamo al punto di prima
    • Vindicator scrive:
      Re: perplessità!
      - Scritto da: Giovanni Genna
      mi sembra un'acXXXXXrio decisamente inutile!
      non capisco l'utilità di un computer dentro una
      tastiera!
      meglio comprarsi l'eeebox, almeno (credo) sia più
      trasportabile e
      UTILE!Io invece lo vedo benissimo in tanti utilizzi aziendali.Lo si può usare come POS, può essere un validissimo rimpiazzo per tante postazioni desktop in azienda, anche a casa può rimpiazzare con vetusti pc, tutto questo ovviamente utilizzando monitor esterni.Decisamente geniale.
      • ruppolo scrive:
        Re: perplessità!
        - Scritto da: Vindicator
        tutto questo ovviamente
        utilizzando monitor
        esterni.E allora a cosa servirebbe il monitor integrato?
        Decisamente geniale.Non vedo alcuna differenza tra questo e un qualsiasi pc, nel esempio di utilizzo da te proposto.
        • Bullo scrive:
          Re: perplessità!
          - Scritto da: ruppolo
          Non vedo alcuna differenza tra questo e un
          qualsiasi pc, nel esempio di utilizzo da te
          proposto.se si inchioda con una BSOD provocando il consueto impeto d'ira, è sufficiente gettare il computer-tastiera dalla finestra, invece di affaticarsi a prendere a calci l'unità centrale e/o il monitor :D
          • ruppolo scrive:
            Re: perplessità!
            - Scritto da: Bullo
            - Scritto da: ruppolo

            Non vedo alcuna differenza tra questo e un

            qualsiasi pc, nel esempio di utilizzo da te

            proposto.

            se si inchioda con una BSOD provocando il
            consueto impeto d'ira, è sufficiente gettare il
            computer-tastiera dalla finestra, invece di
            affaticarsi a prendere a calci l'unità centrale
            e/o il monitor
            :DMagari è sufficiente questo:http://www.giava.com/giochivari/metelev1_01.html
  • GoldenBoy scrive:
    peccato...
    ...per quel XXXXX di chipset che butta per aria il "buono" del proXXXXXre atom...andare ion non sarebbe stato male...poi comunque, un atom un pò più recente non è che ci si sputa sopra eh...vabbè, occasione persa per asus
    • Stein Franken scrive:
      Re: peccato...
      Mica vero :3 il chippetto della Broadcom è in pratica un mini-ION.Non buono per i giochi ma adatto per HD (h.264).Ehm, in realtà il supporto driver è dubbio... (funzionerà con MPC? Con Linux? etc)
  • francososo scrive:
    5 pollici
    sembrerebbe un'altro gadget per spennare le persone !
  • Bullo scrive:
    Come ai vecchi tempi...
    ...quando c'era il Sinclair Z80 :DPrimo! :)
    • Gianluca70 scrive:
      Re: Come ai vecchi tempi...
      - Scritto da: Bullo
      ...quando c'era il Sinclair Z80 :D

      Primo! :)Ma lo Z80, lo Spectrum e il QL non avevano lo schermo, quindi non valeGuarda questo Amstrad PPC invece ... :)http://museum.dyne.org/index.php/Amstrad_PPC640Pari! :)
      • malvyn scrive:
        Re: Come ai vecchi tempi...
        - Scritto da: Gianluca70
        - Scritto da: Bullo

        ...quando c'era il Sinclair Z80 :D



        Primo! :)

        Ma lo Z80, lo Spectrum e il QL non avevano lo
        schermo, quindi non
        vale

        Guarda questo Amstrad PPC invece ... :)

        http://museum.dyne.org/index.php/Amstrad_PPC640

        Pari! :)IO CE L'AVEVO!!!a dire la verità avevo il 512, che era bianco, ma come forma era identico!è stato il mio primissimo pc, regalato insieme a un' enciclopedia.
      • asd scrive:
        Re: Come ai vecchi tempi...
        bellissimo lo schermo color lime *_* troppo retro *_* sbav
    • DarkSchneider scrive:
      Re: Come ai vecchi tempi...
      ma ci preinstallano Aros? ;)
    • ruppolo scrive:
      Re: Come ai vecchi tempi...
      - Scritto da: Bullo
      ...quando c'era il Sinclair Z80 :D

      Primo! :)ZX80
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